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À Secretaria Municipal de Saúde, sigla SMS, compete planejar, elaborar, coordenar e executar, no Município, políticas públicas de saúde, de caráter preventivo e curativo, voltadas à assistência e melhoria das condições de bem-estar físico, mental e social, direito fundamental do ser humano, em especial naqueles segmentos mais carentes, através de sistemas, diretrizes ou programas de saúde, de acordo com a legislação, em conjunto, conveniado ou delegado com órgãos estaduais e/ou federais, em conformidade com os princípios do Sistema Único de Saúde (SUS); coordenar a prestação de serviços de atenção básica, média e de alta complexidade, garantindo a eficiência na rede de atendimento; gerenciar a manutenção e funcionamento das Estratégias de Saúde da Família (ESF´s) e das Unidades Básicas de Saúde e demais instalações da rede municipal; administrar os recursos financeiros destinados à saúde, monitorando sua aplicação e promovendo a transparência; gerir convênios e parcerias com instituições estaduais, federais e privadas, assegurando a ampliação da oferta de serviços; garantir o fornecimento contínuo e acessível de medicamentos essenciais à população, de acordo com as normas do SUS; coordenar campanhas de imunização e controle de doenças endêmicas e transmissíveis; gerenciar os programas de agentes comunitários e de endemias, ampliando a vigilância e prevenção local; incorporar tecnologias inovadoras na gestão e prestação de serviços de saúde, promovendo maior eficiência e qualidade no atendimento; fortalecer os mecanismos de controle social para a formulação de políticas públicas; executar serviços de vigilância em saúde epidemiológica, sanitária, alimentar, de saúde do trabalhador, nutricional e outras afins; controlar e fiscalizar os procedimentos privados de saúde; e acompanhar e controlar os seus recursos humanos e os bens públicos sob seu encargo. 
A Secretaria Municipal de Saúde, para cumprimento destas atribuições, é integrada da seguinte estrutura administrativa complementar formada pelas unidades abaixo dispostas:
I – Chefia de Gabinete;
II – Supervisão Financeira:
a) Seção de Convênios, Auditoria e Estatística.
III – Supervisão Administrativa e de Pessoal:
a) Seção de Almoxarifado e Manutenção.
IV – Supervisão de Média e Alta Complexidade:
a) Seção de Marcação de Consultas;
b) Coordenadoria da Policlínica Infantil;
c) Coordenadoria da Policlínica Adulto;
d) Seção de Saúde Bucal;
e) Diretoria de Saúde Mental;
f) Seção do Laboratório Municipal;
g) Seção do Serviço de Atendimento Móvel de Urgência – SAMU; e
h) Diretoria do Tratamento Fora do Domicílio.
V – Supervisão da Atenção Básica:
a) Coordenadoria das Estratégias de Saúde da Família e Unidades Básicas de Saúde;
b) Coordenadoria do Programa de Agentes Comunitários de Saúde e de Endemias;
c) Coordenadoria de Serviços Especializados em Saúde;
d) Seção de Verificação de Óbitos; e
e) Coordenadoria do Programa Vida em Movimento.
VI – Diretoria de Assistência Farmacêutica:
a) Seção de Apoio Farmacêutico das ESF’s e Interior.
VII – Diretoria de Vigilância em Saúde:
a) Seção de Epidemiologia;
b) Seção de Vigilância Ambiental; e
c) Seção de Vigilância Sanitária.
 

Secretário Adjunto: Diego Cantori Hernandes